ACTUALITÉS INSERM
 
La surveillance en médecine générale, indispensable au suivi de l’épidémie de Covid-19
En France, le nouveau coronavirus s’est progressivement diffusé sur tout le territoire, vraisemblablement à partir de janvier. Le réseau Sentinelles s’est alors avéré un outil efficace et réactif pour décrire l’évolution de l’épidémie au niveau national. Ce réseau constitué de médecins généralistes volontaires, répartis dans tout le pays, joue un rôle complémentaire aux autres systèmes de surveillance nationaux, un rôle qui restera de grande importance au moment du déconfinement.
 
 
 
EpiCOV : Connaître le statut immunitaire de la population pour guider la décision publique
Quantifier la proportion de personnes ayant développé des anticorps en réaction au virus SARS-CoV-2 et documenter les effets de cette épidémie sur les conditions de vie de nos concitoyens apparaissent comme des enjeux majeurs pour appuyer l’élaboration des stratégies de déconfinement et de prévention les plus adaptées, permettre la détection précoce de toute reprise épidémique et, sur le plus long terme, suivre l’efficacité des mesures prises.
Porté par l’Inserm et la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) du ministère des Solidarités et de la Santé, en lien avec leurs partenaires (Insee, Santé publique France, CNRS, Ined, Université Paris-Saclay), le projet EpiCOV est une large étude épidémiologique, adossée à une grande enquête statistique, proposant de fournir une cartographie globale et scientifiquement fiable du statut immunitaire de la population et de sa dynamique, sur l’ensemble du territoire, via la collecte d’échantillons biologiques couplée à des questionnaires.
 
 
 
L’équipe-projet StopCovid et l’écosystème des contributeurs se mobilisent pour développer une application mobile de contact tracing pour la France
L’Inria, l’Anssi, Capgemini, Dassault Systèmes, l’Inserm, Lunabee Studio, Orange, Santé publique France et Withings créent l’équipe-projet StopCovid afin de structurer et de renforcer leur contribution au projet gouvernemental de mise en place d’une application mobile de contact tracing (StopCovid). Ce projet vise à mettre à disposition des autorités de santé françaises un outil numérique complémentaire d’aide à la gestion de la crise sanitaire due au Covid-19.
 
 
ACTUALITÉS DE LA RECHERCHE INTERNATIONALE
 
Enquête sur le récepteur ACE2, clé de voûte de la stratégie du virus
Chez les patients Covid-19 symptomatiques, on détecte une charge virale plus élevée par prélèvement nasal que par prélèvement au niveau de la gorge. Cette observation a donné lieu à une hypothèse qui s’avère de plus en plus robuste : l'épithélium nasal serait la principale porte d'entrée du virus dans l’organisme, et interviendrait dans la transmission et l'infection initiales.
Or, parce que le SARS-CoV-2 exploite le récepteur ACE2 pour pénétrer la cellule, une équipe internationale de chercheurs a exploré une piste qui combine ces deux axes de recherche. Après avoir exploité des bases de données génétiques, dont le Human Cell Atlas (HCA), ils montrent que le récepteur ACE2 et la protéase associée à l'entrée virale, TMPRSS2, sont fortement exprimés dans les cellules de l’épithélium nasal, par rapport à d’autres types de tissus provenant de la cornée, de l'œsophage, du côlon, du cœur, des muscles squelettiques, du foie, de la peau, du cerveau, etc. Selon eux, les cellules de l'épithélium nasal et d’autres cellules présentes dans les fosses nasales, comme les cellules ciliées et les cellules sécrétrices, seraient la cible du virus lorsqu’il pénètre dans l’organisme. Les chercheurs estiment donc que ces cellules pourraient s’apparenter à des réservoirs qui facilitent la dissémination du virus dans le corps, ainsi que la transmission à d’autres individus.
 
Waradon Sungnak, et al. Nature Medicine, 23 avril 2020.
DOI : 10.1038/s41591-020-0868-6
 
 
Mieux comprendre les indices pulmonaires d’une infection au SARS-CoV-2
Dans le cadre de Covid-19, le recours au scanner thoracique a plusieurs intérêts : il permet de confirmer un diagnostic clinique ou un test PCR, de suivre l’évolution des lésions pulmonaires chez un patient dans un but pronostique, mais également de mieux comprendre le lien entre atteintes pulmonaires et expression des symptômes.
Des chercheurs de l’hôpital et de la faculté de médecine de Guangxi, à Nanning, ont réalisé une méta-analyse portant sur 34 études rétrospectives chinoises, ayant inclus 4121 patients au total. Ils montrent que 73,8 % d’entre eux présentaient des lésions sur les deux poumons, 67,8 % sur plusieurs lobes, et que seuls quelques patients (8,4 %) bénéficiaient de scanners normaux. Dans 68,1 % des cas, les opacités qui apparaissaient sur l’image correspondaient au motif de l’« infiltrat en verre dépoli » , c’est-à-dire des changements de densité des tissus en forme de halo, courants dans les affections virales.
Les chercheurs estiment que ces données permettront une meilleure exploration clinique des cas suspectés de Covid-19 chez qui les symptômes sont discrets, ambigus, voire absents. Quand cela est possible, ils recommandent d’utiliser le scanner thoracique pour contribuer à la stratégie de détection et d’isolement des cas en complément des tests PCR, dont la sensibilité n’est hélas pas suffisante pour éviter les erreurs dues aux faux négatifs.

Jieyun Zhu, et al. Journal of Medical Virology, 21 April 2020. 
 
FAUSSES INFORMATIONS
 
Une bactérie à l’origine des formes graves de Covid-19, vraiment ?
L’épidémie de Covid-19 serait-elle causée par une bactérie plutôt que par le coronavirus SARS-CoV-2 ? Cette théorie évoquée en février 2020 dans une publication en preprint  est devenue très populaire sur les réseaux et est à l’origine de nombreuses autres théories hasardeuses. Mais qu’en est-il vraiment ?

Cette théorie affirme que la pandémie de Covid-19 serait en réalité causée par la bactérie Prevotella – une bactérie anaérobie à Gram négatif, présente dans le microbiote intestinal, oral et vaginal et retrouvée dans certaines infections respiratoires. Selon cette théorie, le SARS-CoV-2 serait en fait un virus bactériophage de la bactérie Prevotella, c’est-à-dire qu’il serait capable d’injecter son matériel génétique dans cette bactérie pour s’y multiplier. Il la rendrait alors plus agressive et favoriserait sa prolifération. La virulence augmentée de cette bactérie serait à l’origine de la réaction immunitaire excessive qui dégrade les poumons dans les cas graves de Covid-19. La forme non agressive du Covid-19 ne ferait pas intervenir Prevotella et l’infection par SARS-CoV-2 ne donnerait alors qu’un simple rhume. Les défenseurs de cette théorie soutiennent que par conséquent le traitement des formes graves de Covid-19 pourrait se faire par des antibiotiques et en particulier par l’azithromycine à laquelle Prevotella est sensible.

Ces interprétations sont erronées. En effet, si les bactériophages ont bien pour mode de survie d’infecter des bactéries pour s’y multiplier, si une catégorie de ces bactériophages est bien capable de conférer de nouvelles fonctions à une bactérie (on les appelle phages lysogènes, par opposition aux phages lytiques qui détruisent la bactérie), et si la bactérie Prevotella possède probablement un bactériophage qui lui est spécifique, le SARS-CoV-2 ne possède pas les caractéristiques qui pourraient faire de lui un bactériophage. Sa structure ne lui permet en effet pas de pénétrer une bactérie : les récepteurs protéiques auxquels le virus peut se fixer pour infecter une cellule sont typiques des cellules eucaryotes (qui possèdent un noyau et des organites délimités par une membrane), ce qui lui permet d’infecter les cellules humaines. Ces récepteurs sont absents de la surface des bactéries qui sont, elles, des organismes procaryotes (dépourvus de noyau et d’organites) protégés par une paroi spécifique à laquelle le SARS-CoV-2 ne peut se fixer.
De plus, le SARS-CoV-2 est un virus dont le matériel génétique est constitué d’ARN. Pour pouvoir infecter une cellule, le virus doit y injecter son ARN qui s’y répliquera. Or, les bactéries, dont le matériel génétique est constitué d’ADN, possèdent une machinerie interne les rendant très performantes pour dégrader les ARN étrangers (plus l’ARN est long, plus il est facile à dégrader). Celui du SARS-CoV-2 étant très long (30 kilobases), il y est d’autant plus sensible.
Une telle hypothèse d’infection d’une bactérie par un virus à ARN est donc très peu probable et n’a jamais été observée par la communauté scientifique jusqu’à présent.

Prevotella, marqueur de la gravité des cas de Covid-19 ?
Plusieurs affirmations fausses découlant de cette première théorie inexacte ont aussi été diffusées. Une en particulier se fonde sur l’idée erronée que Prevotella serait quasiment absente du microbiote infantile et voudrait y trouver l’explication du fait que les enfants sont moins touchés par la maladie. Or, si la bactérie est effectivement absente de la flore intestinale des nouveau-nés, elle s’y développe en revanche rapidement dans les six premiers mois de la vie.

De la même manière, la théorie selon laquelle les personnes obèses seraient plus gravement atteintes par le Covid-19 en raison d’un déséquilibre du microbiote et d’une trop grande présence de Prevotella est fausse. Si les altérations du microbiote chez les personnes en surpoids les vulnérabilisent face à l’infection, c’est parce qu’elles les rendent plus sensibles à l’emballement de l’inflammation responsable de la brusque dégradation de l’état des patients. Cette sensibilité accrue vient s’ajouter au fait que l’importante masse de tissu adipeux chez ces personnes génère déjà un état d’inflammation préexistant (pour plus d’informations sur les liens entre surpoids et forme grave du Covid-19, retrouvez notre décryptage à lire ici).
Environ un quart de la population générale est concerné par une présence accrue de Prevotella dans son microbiote, or en France, 83 % des patients Covid-19 admis en réanimation sont en surpoids ou obèses. Si Prevotella était responsable de l’aggravation de la maladie, il y aurait davantage de personnes de poids normal en réanimation.

À ce jour, aucune donnée solide ne montre une présence accrue de bactérie Prevotella chez les patients atteints de Covid-19. S’appuyer sur cette théorie pour affirmer que les antibiotiques efficaces contre Prevotella (comme l’azithromycine) seraient efficaces pour lutter contre le Covid-19 est par conséquent impossible.
Enfin, il faut rappeler que l’antibiorésistance est un phénomène préoccupant dont les risques se trouvent majorés dans ce contexte pandémique. La prescription d’antibiotiques doit se faire sur la base de données scientifiques solides, toute allégation infondée qui encouragerait la prise d'antibiotiques pouvant constituer une menace pour la santé publique.
 
Texte réalisé en collaboration avec Rémy Burcelin, chercheur Inserm au sein de l’unité Inserm 1048, Institut des maladies métaboliques et cardiovasculaires (Inserm/Université Toulouse III - Paul Sabatier).
 
LA VIDÉO DU JOUR
Covid-19 : plusieurs approches de distanciation physique pour lutter contre l’épidémie
 
Mise en quarantaine des malades, confinement total ou limitation des contacts avec isolement rapide des cas : autant de mesures qui ont chacune un effet sur la transmission d’un virus tel que que le SARS-CoV-2 au niveau d'une population. Leur mise en œuvre évite aux services de santé d’être submergés, aussi bien dans le cadre d’une première flambée épidémique que dans celui d’une éventuelle seconde vague.
 
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