ACTUALITÉS INSERM
 
Mieux décrire la protéine Spike pour améliorer le diagnostic et les perspectives vaccinales
La protéine Spike est la clé qui permet au SARS-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules. Elle est en outre l’une des cibles de notre système immunitaire face à l’infection, et celle de vaccins actuellement en développement. Il est donc crucial de la caractériser aussi finement que possible. C’est précisément l’objet du projet de recherche ProteoCovid-19, conduit au CHU de Montpellier par une équipe Inserm.
 
 
 
À la recherche de biomarqueurs immunitaires du Covid-19
Une équipe Inserm va analyser la réponse immunitaire de personnes atteintes de Covid-19 et comparer celle de patients guéris à celle de malades en situation critique qui nécessitent une ventilation assistée. L’objectif est d’identifier des marqueurs de l’évolution favorable ou défavorable de la maladie, mais aussi d’étudier les cellules mémoires productrices d’anticorps anti-SARS-CoV-2. Ce projet, baptisé Harmonicov, vient de démarrer. À terme, il inclura une centaine de participants.
 
 
 
Point d’étape sur l’essai Discovery promu par l’Inserm
Discovery a été cité récemment par la Commission européenne comme le seul grand essai académique européen évaluant des antiviraux contre le Covid-19. Il est mené en complète coordination avec Solidarity, le consortium d’essais cliniques de l’OMS, et contribue ainsi à l’effort global international pour trouver des traitements contre cette maladie. Au 12 mai 2020, 750 patients ont déjà été recrutés en France. Discovery est un modèle de ce que la recherche clinique peut apporter en ces temps de crise : un protocole robuste, établi avec les meilleurs standards internationaux.
 
 
ACTUALITÉS DE LA RECHERCHE INTERNATIONALE
 
Quand la maladie affecte la sensorialité
La perte du goût et de l’odorat, respectivement anosmie et agueusie, sont des symptômes associés au Covid-19. Or, le tableau clinique de la maladie est très variable selon les individus, et les différents symptômes – comme la fièvre, la toux, la fatigue ou les courbatures – sont peu spécifiques et peuvent être exclusifs les uns des autres. Dans ces conditions, la perte du goût et de l’odorat constituent des manifestations particulièrement utiles pour qualifier une suspicion de Covid-19 : très distinctifs, ces symptômes peuvent contribuer à écarter la piste d’autres infections respiratoires, comme le rhume ou la grippe, notamment lorsque des tests PCR ne sont pas accessibles. Ce sont des signes particulièrement recherchés lors de téléconsultations car ils sont peu ambigus et donc compatibles avec l’auto-observation.

Au début de l’épidémie, anosmie et agueusie étaient considérées comme rares, puis les observations des cliniciens ont progressivement conduit à une réévaluation de leur prévalence. À présent, des cliniciens de l’association médicale de Daegu, en Corée du Sud, ont analysé les données collectées sur 3 191 patients par 150 médecins volontaires de l’association au cours d’entretiens téléphoniques, dans le cadre du suivi symptomatique de malades en quarantaine. Ils estiment que 15 % des patients ont présenté une perte du goût ou de l’odorat à un stade précoce du Covid-19. Le temps médian de disparition des symptômes était de sept jours, et la majorité des patients concernés a récupéré de la maladie en trois semaines.

Sur ce modèle, d’autres symptômes initialement considérés comme peu fréquents comme les éruptions cutanées, pourraient voir leur utilité réévaluée, seuls ou en combinaison avec d’autres signes cliniques, pour établir un diagnostic différentiel.

Yonghyun Lee, et al. J Korean Med Sci., 11 mai 2020
 
 
Utilisation du vaccin BCG contre SARS-CoV-2 : de nouveaux indices
L’examen de l’association entre politiques vaccinales et taux de létalité et de morbidité du Covid-19 dans différents pays du monde a conduit des chercheurs à formuler une hypothèse intéressante : le vaccin BCG pourrait avoir un rôle protecteur contre le SARS-CoV-2. Évidemment, il est encore très difficile à ce stade de comparer les caractéristiques de l’épidémie de pays dont les particularités démographiques, la gestion sanitaire, la dissémination initiale des cas, la transparence des informations publiques et, surtout, les capacités de dépistage et de collecte de données diffèrent fortement. La robustesse de l’hypothèse est donc limitée, mais son fondement scientifique est suffisamment convaincant pour que de nombreux essais cliniques aient été organisés pour la tester – notamment parce que le BCG a montré, chez les enfants, un effet protecteur non spécifique contre les infections.

En attendant la consolidation des résultats cliniques, des chercheurs de l’université de Tel Aviv ont adopté un angle intéressant afin de mettre l’hypothèse à l’épreuve. En Israël, le vaccin BCG a été administré à tous les nouveau-nés entre 1955 et 1982. Depuis, il est exigé uniquement pour les personnes originaires de pays où la prévalence de la tuberculose est importante. Il est aujourd’hui possible de comparer la prévalence de la maladie dans deux populations similaires présentant un statut BCG différent : 3 064 individus vaccinés nés entre 1979 et 1981, et 2 869 individus probablement non vaccinés nés entre 1983 et 1985. Tous ont reçu un test PCR sur la base de la politique de dépistage israélienne, qui consiste à tester les personnes présentant des symptômes. Les chercheurs montrent qu’il n’existe pas de différence significative entre la proportion de résultats de tests positifs dans les deux groupes, ce qui indiquerait que le vaccin BCG administré aux enfants n’a pas d’effet protecteur contre le Covid-19 à l’âge adulte. Cependant, seuls les résultats d’études cliniques de bonne qualité permettront de statuer de manière définitive sur cette question.

Uri Amiel, et al. Jama, 13 mai 2020
 
FAUSSES INFORMATIONS
 
Un virus créé en laboratoire, vraiment ?
Parmi les nombreuses interrogations que suscite l’épidémie de Covid-19, une en particulier inspire des théories parfois complotistes : le virus SARS-CoV-2 est-il issu des aléas de la sélection naturelle, ou a-t-il été fabriqué de toutes pièces en laboratoire ? Si cette idée semble plutôt populaire, en particulier en France, il est néanmoins possible d’y apporter une réponse scientifique la plus précise possible en convoquant les connaissances disponibles en génétique, en virologie et en infectiologie.

Certaines spéculations fortement relayées sur les réseaux sociaux évoquent la possibilité que le SARS-CoV-2 soit en réalité un virus "chimère" issu de la recombinaison en laboratoire d’un coronavirus dont la chauve-souris serait le réservoir initial et d’un autre virus. Certains avancent même que la chimère aurait été obtenue à partir du VIH, et serait le produit d’une tentative infructueuse pour mettre au point un vaccin. Mais qu’en disent les scientifiques ?

Tout d’abord, il faut bien différencier cette hypothèse d’un virus créé en laboratoire d’une autre théorie avec laquelle elle est souvent confondue : celle d’une éventuelle sélection en laboratoire d’un virus ayant naturellement muté. Cette dernière fera l’objet d’un point de décryptage ultérieur car elle implique des notions scientifiques différentes.

De la théorie…
Il faut savoir qu’il est possible, bien que complexe, de créer un virus chimère à visée vaccinale en laboratoire. Cette technique consiste à insérer à un endroit choisi du génome d’un premier virus (virus A) la séquence génétique codant pour l’antigène d’un autre virus (virus B) contre lequel on veut fabriquer un vaccin. Le virus A, appelé "plateforme vaccinale", est en général un virus vivant "atténué" (son pouvoir pathogène lui a été retiré) déjà utilisé comme base de vaccin. En combinant les deux, on obtient ainsi un virus chimère qui, une fois inoculé, permet à la plateforme vaccinale de "présenter" l’antigène du virus B au système immunitaire. Ce dernier le gardera en mémoire et sera capable de le reconnaître immédiatement si le virus B venait à infecter l’individu par la suite.

Les coronavirus sont des virus difficiles à manipuler en laboratoire. D’abord, ils sont encore mal connus. Mais surtout, ils appartiennent à la catégorie des virus à ARN pour laquelle les techniques de manipulation génétique décrites plus haut ne sont pas aussi abouties, et sont plus contraignantes que pour les virus à ADN. Le SARS-CoV-2 présente donc en théorie un profil peu adapté à la manipulation génétique, en particulier à but vaccinal.

… à la pratique
À ces arguments théoriques, des arguments d’analyses génétiques et structurelles du SARS-CoV-2 viennent réfuter l’idée d’un virus chimérique.
Dans le cas d’une chimère, pour que l’antigène du virus B s’exprime correctement à la surface du virus A, la séquence provenant du virus B doit avoir une longueur suffisante et être insérée à un endroit précis du génome du virus A. Une telle modification est très facilement détectable à l’aide d’outils permettant de comparer les séquences génomiques entre elles, au sein de banques de données. Les séquences génomiques similaires d’un virus à l’autre ou celles d’un même virus au sein d’une population sont alors mises en évidence.

En admettant que ce type de manipulation génétique a pu être réalisé sur le SARS-CoV-2, des « cicatrices » résiduelles devraient être détectables avec les techniques dont disposent les scientifiques actuellement, d’autant plus si cette manipulation a été faite avec la séquence d’un virus comme le VIH, très différent du SARS-CoV-2. On détecterait alors des régions du génome étranger à des endroits très spécifiques du génome du SARS-CoV-2.
Or, le génome du SARS-CoV-2 a été séquencé et comparé à de multiples reprises dans de nombreux laboratoires à travers le monde, au cours des derniers mois. Une modification très importante, comme l’insertion d’un pan entier de la séquence d’un autre virus, aurait immédiatement été détectée par les outils de bio-informatique et n’aurait pas échappé à la communauté scientifique.
Il est par ailleurs tout à fait normal et fréquent de trouver de petites homologies (séquences génétiques similaires) répétées en comparant l’intégralité des génomes de deux ou plusieurs virus. Ces homologies apparentes résultent le plus souvent du hasard. Les homologies de séquence identifiées entre le génome du SARS-CoV-2 et celui du VIH, en plus d’être également retrouvées chez d’autres virus, sont trop courtes (moins de 20 bases) par rapport à la taille globale du génome du SARS-CoV-2 (30 000 bases) pour être autre chose que le fruit du hasard.

Des travaux parus dans Nature Communications le 17 mars 2020 montrent une très haute affinité de liaison entre la protéine Spike, qui donne sa forme de couronne au SARS-CoV-2, et le récepteur ACE2 des cellules humaines qui permet au virus de se fixer pour infecter ces dernières. Selon les auteurs de l’étude, une telle affinité est très probablement le produit de mutations et de la sélection naturelle, et non le résultat d’une manipulation volontaire en laboratoire. Une autre publication plus récente, comparant la structure de la protéine Spike du SARS-CoV-2 avec celle d’un coronavirus de chauve-souris très proche génétiquement, vient renforcer l’hypothèse d’une provenance naturelle du virus.

Enfin, une modification aussi importante qu’une recombinaison aurait fortement réduit le niveau de ressemblance du virus avec les autres coronavirus. Or, le SARS-CoV-2 présente une très forte homologie avec plusieurs coronavirus retrouvés chez les chauves-souris du genre Rhinolophus.

À ce jour, aucun argument scientifique solide ne permet donc d’affirmer que le SARS-CoV-2 serait un virus recombiné. À l’inverse, les publications dans les revues à comité de lecture mettent en avant des arguments de plus en plus nombreux en faveur d’une origine naturelle du virus.
 
Texte réalisé en collaboration avec les chercheurs Vincent Maréchal et Guy Gorochov (Centre d’immunologie et de maladies infectieuses, unité 1135 Inserm/Sorbonne Université)
 
LA VIDÉO DU JOUR
Interview avec le chercheur Inserm Eugenio Valdano : comment évaluer l’impact du confinement sur la mobilité ?
 
À l'occasion du déconfinement, des chercheurs de l’Inserm ont publié une nouvelle étude de modélisation afin d’évaluer l’impact du confinement sur la mobilité des populations en France métropolitaine.
S’appuyant sur des données téléphoniques agrégées et anonymisées fournies par Orange, l’équipe menée par Vittoria Colizza à l’institut Pierre-Louis d’épidémiologie et de santé publique (Inserm/Sorbonne Université) estime que le confinement a entraîné une réduction de 65 % du nombre de déplacements à l'échelle nationale. Eugenio Valdano nous explique comment l'équipe a travaillé pour obtenir ces résultats.
 
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