ACTUALITÉ INSERM
 
Covid-19 : un test rapide de caractérisation de la réponse immune
À Tours, une équipe Inserm développe un test sérologique fondé sur la reconnaissance de petits fragments de protéines virales. Au-delà de la détection des anticorps anti-SARS-CoV-2, il permettra de cartographier très finement la réponse immune des personnes infectées par le nouveau coronavirus. L’objectif est de permettre l’étude d’éventuelles corrélations entre les caractéristiques de la réponse immune des patients et les formes plus ou moins sévères de la maladie. Ce test pourrait en outre identifier les régions les plus immunogènes du virus, dans la perspective de la mise au point de candidats vaccins.
 
 
ACTUALITÉS DE LA RECHERCHE INTERNATIONALE
 
L’intelligence artificielle au service d’un diagnostic rapide
Les tests PCR constituent l’outil standard pour le diagnostic du Covid-19. Cependant, les infrastructures et les effectifs de professionnels habilités à les effectuer sont inégalement répartis en fonction des territoires. Leur utilisation est aussi dépendante de l’accès à des réactifs dont les stocks peuvent varier au cours du temps, voire connaître une pénurie. Dans de bonnes conditions, les résultats d’un test sont obtenus en deux jours environ, mais celles-ci ne sont pas réunies partout et tout le temps. Par ailleurs, les tests doivent être effectués de manière séquentielle pour écarter le risque de faux négatifs.

Des chercheurs dont les travaux ont été coordonnés par la faculté de médecine de l’hôpital Mont Sinaï à New York, ont travaillé sur l’utilisation du scanner thoracique à des fins de dépistage. Seul, il ne permet pas d’éliminer la suspicion d’une infection au SARS-CoV-2 avec une grande fiabilité, en particulier au début des symptômes, d’où la nécessité d’intégrer des données cliniques et biologiques à l'imagerie pour établir le diagnostic. Les chercheurs ont donc entraîné différents types de réseaux de neurones à analyser rapidement et efficacement ces données. Sur un échantillon de 279 patients, l’efficacité diagnostique de l’intelligence artificielle (IA) s’est avérée équivalente à celle d’un radiologue thoracique expérimenté. L’IA a même eu plus de succès que ce type de spécialiste pour détecter les patients testés positifs mais présentant des images pulmonaires normales. Ce système pourrait donc s’avérer utile lorsque des données cliniques adéquates sont disponibles.

Actuellement, la Haute Autorité de santé ne recommande pas le scanner thoracique à des fins de dépistage chez des patients sans signes de gravité. Cependant, elle estime qu’il est pertinent en cas d’urgence, chez des patients au statut Covid non connu. Dans ces conditions, il permet d’évaluer le risque de complications respiratoires suite à une intervention chirurgicale ou thérapeutique.

Xueyan Mei, et al. Nature Medicine, 19 mai 2020
DOI : 10.1038/s41591-020-0931-3
 
 
Et le climat dans tout ça ?
La sensibilité du SARS-CoV-2 aux facteurs climatiques n’a pas encore été établie. Les études écologiques réalisées jusqu’ici ne présentent que des résultats limités, reposant sur des données rendues rapidement caduques par l’évolution de l’épidémie. Ainsi, l’Amérique du Sud, épargnée par le Covid-19 pendant plusieurs mois, connaît actuellement une flambée épidémique, tandis que les projections très pessimistes concernant les pays d’Afrique ont été démenties. La nécessité de déterminer si les variations saisonnières et géographiques sous différents climats affectent la transmission du virus demeure impérieuse, afin d’anticiper de nouvelles vagues épidémiques au cours des mois à venir. Cela est particulièrement difficile, dans la mesure où la susceptibilité des populations face aux infections émergentes est très haute : des facteurs climatiques influant sur la dynamique de la transmission virale pourraient être masqués, dans un premier temps, par le caractère explosif de la phase pandémique.

Pour explorer ce phénomène, des chercheurs de l’université de Princeton, aux États-Unis, ont bâti un modèle qui permet de simuler différents scénarios climatiques en utilisant des données sur des agents infectieux qui présentent des caractéristiques communes avec le SARS-CoV-2, mais qui circulent déjà dans la population humaine et dont la sensibilité aux conditions climatiques est de fait mieux connue : les bétacoronavirus HKU1 et OC43, la grippe saisonnière, et le virus respiratoire syncytial. Leurs résultats confirment que la première vague épidémique de Covid-19 ne devrait pas être affectée par les changements saisonniers, et en particulier par les variations d’humidité et de température. Les chercheurs estiment que seules les interventions sanitaires constituent un facteur environnemental susceptible d’avoir une influence sur l’épidémie à ce stade. Néanmoins, quand la proportion d’individus qui n’ont jamais été exposés au SARS-CoV-2 aura sensiblement diminué à l’issue de quelques mois ou années, peut-être pourra-t-on observer une sensibilité importante du virus aux variations climatiques : il deviendrait alors un virus endémique provoquant des épidémies saisonnières.

Rachel E. Baker, et al. Science, 18 mai 2020
DOI : 10.1126/science.abc2535
 
FAUSSES INFORMATIONS
 
Un virus sélectionné en laboratoire, vraiment ?
Parmi les nombreuses interrogations que génère l’épidémie de Covid-19, une en particulier nourrit l’élaboration de théories parfois complotistes : le virus SARS-CoV-2 est-il issu des aléas de la sélection naturelle, ou a-t-il été sciemment sélectionné en laboratoire pour sa capacité à infecter l’être humain ?
Cette théorie est souvent confondue avec une autre également très populaire mais aux présupposés radicalement différents qui imagine que le SARS-CoV-2 serait un virus dit "recombiné", c’est-à-dire créé de toutes pièces par l’Homme à partir de deux virus préexistants (voir notre décryptage à ce sujet).

La théorie du virus "sélectionné en laboratoire" soutient quant à elle que l’épidémie de Covid-19 serait issue d’un coronavirus déjà présent chez l’animal mais inoffensif pour l’être humain, jusqu’à ce que des mutations "dirigées" en laboratoire l’aient rendu dangereux. Intentionnellement sélectionné parmi d’autres formes virales mutées, il aurait acquis la capacité d’infecter l’être humain avec une efficacité redoutable. Mais qu’en disent les scientifiques ?
 
Cette théorie repose sur la notion de "franchissement de barrière d’espèce", soit ici la capacité d’un virus à passer de son espèce réservoir (l’animal chez lequel il vit naturellement) à une autre espèce (ici, l’être humain), de pouvoir s’y répliquer, et finalement de devenir transmissible au sein de la population de la nouvelle espèce touchée. Chez l’Homme, on parle de transmission interhumaine. Certains coronavirus animaux ne nécessiteraient que peu de mutations pour pouvoir s’adapter à l’organisme humain. C’est par exemple le cas du virus SARS-CoV, responsable du SRAS, qui a entraîné en Chine l’interdiction de la consommation de viande de civette, hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’humain. Parmi les virus Influenza, le virus H5N1 est quant à lui parvenu à passer d’un réservoir aviaire à l’Homme – chez qui il peut provoquer des maladies parfois mortelles – sans toutefois être capable de se propager au sein de la population humaine.

Ce processus d’adaptation à l’humain repose sur la sélection naturelle de souches virales qui possèdent des mutations adaptatrices, un mécanisme naturel qui ne nécessite pas l’intervention humaine. En revanche, on peut stimuler ce processus en laboratoire en sélectionnant progressivement les souches qui portent ce type de mutations, apparues spontanément au cours de l’étude d’un virus (par exemple, lors du passage du virus d’un animal de laboratoire infecté à un autre). Si ce procédé ne permet pas d’obtenir un virus capable de franchir la barrière d’espèce à coup sûr, cette possibilité n’est pas à écarter.

À l’heure actuelle, il n’existe aucun élément scientifique en faveur de l’hypothèse d’une sélection en laboratoire du SARS-CoV-2 à partir de souches naturelles. Si une telle manipulation avait été réalisée, cela ne pourrait être probablement démontré qu'à partir des données issues du laboratoire impliqué.
L’analyse du génome ne donne aucun indice car elle ne permet pas de différencier des mutations spontanées ayant été sélectionnées en laboratoire de celles survenues dans la nature.

L’hypothèse actuelle est que le SARS-CoV-2 est bien un virus zoonotique (se transmettant de l’animal à l’humain) dont le réservoir est probablement une chauve-souris du genre Rhinolophus, connue pour être le réservoir d’un très grand nombre de coronavirus. Grâce au hasard de la sélection naturelle, le virus aurait muté et franchi la barrière d’espèce entre la chauve-souris et l’humain. Peut-être encore possédait-il la capacité à infecter l’humain depuis longtemps. En l’état actuel des connaissances, l’hypothèse la plus vraisemblable reste donc celle d’un virus de chauve-souris qui se serait adapté à l’humain via une ou plusieurs étapes intermédiaires. Un ou plusieurs hôtes intermédiaires – comme le pangolin – auraient pu être infectés par proximité avec la chauve-souris, dans la nature ou en captivité.
 
Texte réalisé en collaboration avec le chercheur Vincent Maréchal (Centre d’immunologie et des maladies infectieuses, unité 1135 Inserm/Sorbonne Université)
 
LA VIDÉO DU JOUR
Un projet de revêtement antiviral contre le Covid-19 : rencontre avec le chercheur Philippe Lavalle 
 
Les équipes Inserm de l’unité Biomatériaux et bioingénierie (Inserm/Université de Strasbourg) et de l’Institut de recherche sur les maladies virales et hépatiques (Inserm/Université de Strasbourg) travaillent sur un projet commun de revêtements antiviraux en partenariat avec la société Spartha Medical. Il s’agit de développer un système de protection antivirale qui pourrait être appliqué à diverses surfaces de dispositifs médicaux (par exemple à la surface de sondes ou cathéters) et aux muqueuses nasales et buccales de personnes travaillant en milieu hospitalier. Un projet de revêtement appliqué aux masques de protection est également à l'étude.
 
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L'IMAGE DU JOUR
 
Covid-19 : plusieurs évolutions possibles et différentes approches thérapeutiques à l’étude
 
Si l’on ne sait toujours pas prédire qui sont les personnes chez lesquelles le Covid-19 guérira spontanément et celles qui devront être hospitalisées en raison d’une forme grave de la maladie, on sait que cette évolution dépend de la manière dont le système immunitaire va répondre à l’infection par le SARS-CoV-2. Explications !
 
 
 
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